Подруга черепашек-ниндзя и крысы-сэнсэя, тележурналистка Эйприл О'Нил дарит Сплинтеру антикварный японский скипетр, купленный ей где-то на распродаже. Но оказывается, что эта старинная вещица представляет не только исторический, но еще и научный интерес, так как является ни много ни мало настоящей машиной времени. Несмотря на то что это устройство работает только при определенных условиях, скипетр переносит бедняжку Эйприл в Японию 1603-го года. Главные герои картины «Черепашки-ниндзя 3», естественно, отправляются следом, но сразу же оказываются на поле боя и где-то теряют Микеланджело вместе со скипетром. А ведь еще нужно найти Эйрил и, как всегда, всех спасти...