Комедийный боевик, продолжение фильма «Черепашки-ниндзя» (1990). Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль продолжают спасать жителей Нью-Йорка, сражаться с коварным Шредером и другими злодеями из клана Футов. Подруга главных героев, тележурналиста Эйприл О'Нил расследует дело об одной секретной организации, из-за действий которой на свет появляются огромные цветы-мутанты. С помощью Эйприл, разносчика пиццы Кено и профессора Джордана Пери черепашки-нинздя останавливают распространение вещества, вызывающего мутацию, и нейтрализуют мутантов Разара и Токка. Отважные герои киноленты «Черепашки-ниндзя 2: Тайна изумрудного зелья» созданы практически без применения компьютерной графики — с помощью одних лишь кукол.